Kom i gang med Abacus

Tid og dato: 13. juni kl. 16-18.

Lokale: U182

How-to

Vi tager udgangspunkt i disse sider:

• https://deic-adm.sdu.dk/admin/
• https://abacus.deic.dk/documentation

Forbind til Abacus via ssh

For at køre ting på Abacus skal vi oprette en forbindelse over ssh. Du vil komme til at bruge en Linux terminal til dette. Hvis du ikke har brugt Linux eller en terminal før, så frygt ej – Det kan sættes op og bruges med ganske få trin og resten af jeres udvikling kan ske på jeres egen computer.

Start med at åbne siden https://deic-adm.sdu.dk/admin/ og følg dernæst fremgangsmåde nedenfor afhængig af dit styresystem.

Linux/Mac

Både Linux og Mac har ssh indbygget. Man kan enten følge https://abacus.deic.dk/documentation/ssh-linuxmac eller bare følgende trinene her:

1. Åben en terminal. På Linux er det normalt ctrl+alt+t. På Mac kan man søge efter den i søgefeltet.
2. Kør dette for at lave en ssh-nøgle. Bare tryk enter gennem det hele.

   ssh-keygen -t rsa -C "<Indsæt PC navn eller anden label>"
   

3. Kør dette for at se din nøgle:

   cat ~/.ssh/id_rsa.pub
   

4. Gå ind på https://deic-adm.sdu.dk/admin/, tryk “Add SSH Key”, indtast label og nøglen som du fandt ovenfor.
5. Kør nano ~/.ssh/config, skriv nedenstående i filen og gem ved at trykke ctrl+x.

   Host abacus
    Hostname fe.deic.sdu.dk
    User <brugernavn>
    IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
   

6. Vent 15 minutter og kør ssh abacus for at forbinde til Abacus.

Windows

Følg denne guide med pæne billeder: https://abacus.deic.dk/documentation/ssh-windows

Kør dit første job

Når du forbinder til Abacus, så burde du gerne se noget ala

The authenticity of host 'fe.deic.sdu.dk (130.225.164.14)' can't be established.
ECDSA key fingerprint is SHA256:V/puvStGZoFwXIeTqO/wCzF9wTuB90/yrGrp6hRJCic.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? yes
Warning: Permanently added 'fe.deic.sdu.dk,130.225.164.14' (ECDSA) to the list of known hosts.
    _    _                            ____    ___
   / \  | |__   __ _  ___ _   _ ___  |___ \  / _ \
  / _ \ | '_ \ / _` |/ __| | | / __|   __) || | | |
 / ___ \| |_) | (_| | (__| |_| \__ \  / __/ | |_| |
/_/   \_\_.__/ \__,_|\___|\__,_|___/ |_____(_)___/


Welcome to DeIC National HPC Centre, SDU

* To see which accounts you can use & how many node hours are left
    abc-quota
* To submit a batch script using e.g. slim nodes use
    sbatch -A sduXX_slim ./test.sh
* To run an interactive shell on one of the slim nodes use
    srun -A sduXX_slim --time 1-0 --pty bash -i

Let us know if you find any issues at support@deic.sdu.dk

More information
 * Further documentation, etc
   https://abacus.deic.dk/documentation
 * Setup your account, SSH keys, etc
   http://deic-adm.sdu.dk/admin/

<username>@fe1:~$

Nu har du en terminal åben til Abacus, hvor du kan køre programmer etc.

Download script.sh og thread_test.cpp på din egen computer. Dernæst skal vi overføre dem til Abacus.

Se guiden for Windows oven for om hvordan man overfører.

På Mac og Linux kan det gøres med scp:

scp script.sh abacus:script.sh

scp thread_test.cpp abacus:thread_test.cpp

Log ind Abacus som før og der burde gerne være de to filer.

Compile programmet:

g++ -std=c++11 -pthread thread_test.cpp 

Og sæt det i job-køen:

sbatch script.sh